Отделение нейрохирургии на 80 коек было открыто в 19.02.1969 г. На базе городской больницы №10. Первым заведующим отделения был Каусаров Р.Д., с 1970 года отделение возглавил Попов А.А. Задачей отделения было оказание экстренной и плановой помощи больным с травмой центральной и периферической нервной системы. Ежегодно помощь оказывалась 1500 больным, проводилось до 450 операций при травмах головного и спинного мозга, периферической нервной системы. С 1971 г. освоены операции при остеохондрозах позвоночника.
Первыми врачами-нейрохирургами, энтузиастами по внедрению новых методик лечения были Александров П.Д., Разин В.А. В связи с тем, что отделение было расположено на периферии г. Уфы, что затрудняло транспортировку тяжелых больных, а также приводило к задержке оказания помощи, отделение было переведено в ГКБ №17, а затем в 1977 г. в ГКБ №13. Отделение было хорошо оснащено на то время: имелись аппараты Эхо 11, электроэнцефалограф и другая диагностическая аппаратура. В этот период внедрены контрастные методы исследования - КАГ, эпидурография, дискография. Отделение возглавлял Шарипов В.З.
В связи с открытием вновь построенной больницы, отделение в полном составе переведено в ГКБ №21. Первый больной госпитализирован в мае 1983 г. Возглавлял отделение Разин В.А., старшей медсестрой была Митренко З.С. В отделении продолжили работу врачи - Попов А.А., Александров П.Д., Коханчиков А.М., Мамлеева Т.В.
В этом же году в отделение пришли молодые специалисты - Афанасьев В.В., Галикеев М.Ф., чуть позже Рахматуллин Э.Р., Самцов И.А., Проломов А.П., Нуждин Н.Е., на сегодняшний день все они врачи-нейрохирурги высшей категории.
В настоящий момент отделение возглавляет Афанасьев В.В., кандидат мед наук, автор 35 печатных работ, 9 изобретений и патентов РФ, отличник здравоохранения РБ.
Отделение оказывает экстренную и плановую помощь при травмах и заболеваниях центральной и периферической нервной системы.
Операционная отделения оснащена оборудованием, ультразвуковым дезинтегратором, холодноплазменной коагуляцией, проводятся малоинвазивные вмешательства при заболеваниях позвоночника, невралгиях тройничного нерва.